[세종=이데일리 박순엽 기자] 내년부터 대기업은 직원을 늘려도 통합고용세액공제를 받을 수 없게 된다. 개인사업자의 신용카드 매출에 적용하는 부가가치세 우대공제율과 한도도 낮아진다. 대중교통 사용액에 대한 40% 우대공제는 폐지하고 관련 지원을 재정지출 방식으로 전환한다.

3일 재정경제부가 발표한 ‘2026년 세제개편안’에 따르면 통합고용세액공제는 중소·중견기업 중심으로 재편된다. 통합고용세액공제는 기업이 상시근로자를 늘리면 기업 규모와 사업장 소재지, 고용 기간 등에 따라 근로자 1인당 일정 금액을 소득세나 법인세에서 공제하는 제도다.

개편안은 대기업을 공제 대상에서 제외한다. 중소·중견기업에 적용되는 일반 근로자와 청년·장애인 등 우대 대상별 공제액은 현행 수준을 유지한다.

중소·중견기업이 육아휴직자를 복직시키고 고용을 유지할 때 받는 추가 세액공제는 올해 말 적용기한이 끝난 뒤 종료한다. 현재는 육아휴직자가 복귀한 뒤 상시근로자 수를 유지하거나 늘리면 기업이 복귀자 1인당 일정 금액을 추가로 공제받을 수 있다.

재정경제부 관계자는 “육아휴직 복귀자 추가공제는 올해 말 종료하지만, 내년 시행되는 ‘행복한 일터 인증제’와 연계해 관련 세제지원을 새로 마련할 예정”이라고 말했다.

고용과 임금 증가를 지원하던 일부 특례도 정비한다. 근로시간을 줄이면서 고용을 유지한 중소기업과 위기지역 중견기업 등에 적용하던 과세특례는 올해 말 종료한다. 중소·중견기업의 임금 증가분을 공제해주는 근로소득 증대세제는 2028년 말 적용기한이 끝난 뒤 연장하지 않는다.

핵심인력 성과보상기금에 가입한 근로자의 소득세 감면 대상도 줄어든다. 현재는 중소·중견기업 근로자가 기금을 만기에 수령하면 기업이 부담한 기여금에 대해 소득세를 감면받을 수 있다. 내년 1월 1일 이후 가입분부터 중견기업 근로자는 감면 대상에서 제외하고 중소기업 근로자에게만 혜택을 적용한다. 올해 말까지 가입한 근로자는 종전 규정을 적용받는다.

개인사업자의 신용카드 매출에 대한 부가가치세 공제도 축소된다. 현재 신용카드와 현금영수증 등을 통한 매출에는 기본적으로 1.0%의 공제율과 연간 500만원의 공제 한도가 적용된다. 올해 말까지는 한시적으로 1.3%의 우대공제율과 연간 1000만원의 공제 한도를 적용하고 있다.

정부는 우대공제 제도를 2029년 말까지 연장하되 내년부터 공제율을 1.2%로 낮춘다. 연간 우대공제 한도도 1000만원에서 500만원으로 절반으로 줄인다. 기본공제율 1.0%와 기본공제 한도 500만원은 유지한다.

신용카드 등을 사용할 때 받는 소득공제도 손질한다. 현재 대중교통 사용액엔 결제수단과 관계없이 40%의 우대공제율과 별도의 추가공제 한도가 적용된다. 개편안은 이를 폐지하고 대중교통 사용분을 일반 신용카드 소득공제로 일원화한다. 대중교통비 지원은 재정지출 방식으로 전환한다.

반면 도서·공연·박물관 등 문화비 사용액에 대한 추가공제 대상은 넓어진다. 현재는 총급여 7000만원 이하 근로자만 받을 수 있지만 앞으로는 소득 요건을 없앤다. 다만 전통시장과 문화비 사용액 등에 대한 추가공제 한도는 총급여 7000만원 이하 근로자는 300만원에서 200만원으로, 7000만원 초과 근로자는 200만원에서 100만원으로 낮춘다.

일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감 제도도 바뀐다. 현재 택시 부가가치세 납부액의 99%를 경감하고 이 가운데 5%를 감차 보상재원으로 활용하고 있다. 개편안은 경감률을 94%로 낮추고 감차 보상은 재정지출로 전환한다. 제도 적용기한은 2029년 말까지 연장한다.

기업의 연구개발 세액공제에는 기술과 시설별로 서로 다른 적용기한을 도입한다. 현재는 신성장원천기술과 국가전략기술 전체에 공통된 적용기한을 두지만 앞으로는 세부 기술과 사업화 시설이 선정된 연도에 따라 일몰 시기를 달리한다. 기술별 성숙도와 지원 필요성을 주기적으로 점검하기 위한 조치다.

외국인 근로자와 기술자에 대한 세율과 감면 요건도 조정한다. 외국인 근로자가 비과세·소득공제·세액공제를 받지 않는 대신 선택할 수 있는 소득세 단일세율은 내년부터 19%에서 21%로 높아진다. 국내 근무 시작일부터 20년간 적용하는 기간 요건은 유지하고 제도 적용기한은 2029년 말까지 연장한다.

외국인 기술자의 근로소득세를 10년간 50% 감면하는 제도는 학위와 연구 경력 요건을 강화한다. 자연·이공·의학계 학위 요건을 학사 이상에서 박사로 높이고, 박사학위 소지자의 연구 경력을 2년으로 완화해주던 예외도 없앤다. 이에 따라 국외 대학·연구기관 등에서 5년 이상의 연구 경력을 갖춰야 한다. 변경된 요건은 내년 4월 1일 이후 근로계약을 체결하는 외국인 기술자부터 적용한다.

기업부설연구소와 연구개발전담부서는 해당 기업이 국가전략기술이나 신성장원천기술, 전략기술, 국가핵심기술 가운데 하나를 보유한 경우에만 외국인 기술자 세제지원 대상 연구기관으로 인정한다.