[세종=이데일리 하상렬 기자] 수도권 기업이 낙후된 비수도권으로 이전하거나 투자할 경우 세액공제 혜택이 최대 1.5배 확대된다. 지방 중소기업에 취업한 청년의 근로소득세 감면 기간은 최장 10년으로 늘어난다. 세제 혜택만 받고 이탈하는 부작용을 막기 위해 감면 세액의 30% 이상은 해당 지역에 의무적으로 재투자하도록 사후 관리도 함께 강화한다.

재정경제부가 3일 발표한 ‘2026년 세제개편안’에 따르면, 정부는 기업의 연구개발(R&D) 비용과 통합투자세액공제 적용 시 지방우대계수를 신설한다. 수도권에 투자할 경우 기본 공제율에 1.0을 곱하지만, 비수도권 광역시 등은 1.1, 기타 비수도권은 1.3을 곱한다. 낙후지역인 기타 비수도권 우대지역에 투자하면 1.5를 곱해 공제 혜택을 확대한다.

기업이 비수도권으로 이전할 때 근로자가 받는 이주수당 비과세 혜택도 신설했다. 수도권 사업장을 비수도권으로 이전하거나 신·증설해 근무지를 변경하는 근로자가 받는 이주수당에 대해 3년간 월 최대 50만 원(기타 비수도권 우대지역 기준)까지 근로소득세를 비과세한다.

지방 소재 중소기업 취업 청년에 대한 근로소득세 감면 기간은 사업장 소재지에 따라 차등 적용한다. 수도권 소재 중소기업 취업 청년은 5년간 소득세의 90%를 감면받지만, 기타 비수도권 우대지역 취업 청년은 감면 기간이 최대 10년까지 연장된다. 60세 이상 고령자, 장애인, 경력단절여성 등 취업자 역시 수도권은 3년간 70% 감면에 그치나, 우대지역은 3년간 90%를 적용받는다.

창업중소기업 세액감면 제도 역시 지역 구분을 3개에서 5개로 세분화해 지방 창업 감면율을 상향했다. 생계형 창업이나 청년 신산업 창업 기업은 지역에 따라 최고 100%의 소득세·법인세 감면율을 적용받는다. 또한 전남광주통합특별시 내 투자진흥지구 등에서 창업하거나 사업장을 신설하는 기업에 대해서도 5년간 소득·법인세 100%, 이후 2년간 50%를 감면하는 특례를 신설했다.

혜택을 주는 대신 사후 관리 기준은 강화한다. 기회발전특구 등 지방 이전과 특구 입주 세액감면 특례를 받은 기업은 전체 감면 기간 동안 해당 지역에 감면 세액(농어촌특별세 제외)의 30% 이상을 의무적으로 환류해야 한다. 지역 내 투자, R&D, 고용, 상생 협력 등에 쓴 금액의 합계가 감면 세액의 30%에 미달하면 미달액을 추징당한다.

아울러 지방 이전 세제 혜택을 받은 뒤 수도권에 사실상 동일한 사업장(본사·공장)을 다시 설치하거나, 특례 적용 후 2년 이내에 상시근로자 수가 감소하는 경우에도 지원액을 추징하고 향후 특례 적용을 배제한다.