정부가 양도소득세 장기보유특별공제를 '보유' 중심에서 '거주' 중심으로 전환하고, 그동안 한도 없이 적용되던 공제액에 상한을 새로 둔다.

실거주 1주택자는 최대 80%의 공제율을 유지하되 양도차익이 큰 경우에는 공제액 한도를 적용받는다.

10년 이상 거주한 1세대 1주택자의 양도세 기본공제는 현행 250만 원에서 2500만 원으로 10배로 늘어나고, 65세 이상 고령자가 수도권 주택을 팔고 비수도권으로 이주하면 양도세를 최대 50%, 5억 원까지 감면받는다.

다주택자의 조정대상지역 주택 양도세 중과는 보유세 정상화에 따른 매도 기회를 주기 위해 2027년과 2028년 한시적으로 완화한다.

장특공제 '보유'→'거주' 전환…공제한도 2029년 10억
재정경제부는 3일 세제발전심의위원회를 열고 이같은 내용의 '2026년 세제개편안'을 발표했다.

장기보유특별공제는 2028년부터 '장기거주소득공제'로 명칭을 바꾸고 보유기간보다 실제 거주기간을 우대한다.

현재 1세대 1주택자는 보유기간에 따라 연 4%씩 최대 40%, 거주기간에 따라 연 4%씩 최대 40%를 공제받는다. 2027년까지는 현행 제도를 유지한다.

2028년에는 거주기간 공제를 연 6%씩 최대 60%, 보유기간 공제를 연 2%씩 최대 20%로 조정한다. 2029년부터는 보유기간 공제를 폐지하고 거주기간에 따라 연 8%씩 최대 80%를 공제한다.

다주택자는 2028년 보유기간에 따라 연 1%씩 최대 15% 또는 거주기간에 따라 연 2%씩 최대 30%를 공제받는다. 2029년부터는 보유기간 공제를 없애고 거주기간 공제만 최대 30% 적용한다.

다만 다주택자가 조정대상지역 주택을 양도해 양도세가 중과되는 경우에는 장기보유특별공제와 거주기간 공제를 모두 적용하지 않는다.

공제액 한도도 신설한다. 2028년에는 개인별·연도별·주택별로 각각 20억 원, 2029년부터는 각각 10억 원까지만 공제한다.

조만희 재경부 세제실장은 "장기보유특별공제가 한도 없이 최대 80%까지 적용되면서 양도차익이 50억 원이나 100억 원인 경우에도 큰 혜택을 받는 구조"라며 "과세 형평성 지적을 고려해 공제 한도를 두기로 했다"고 설명했다.

취학과 근무, 질병, 해외 체류, 부모 봉양 등 불가피한 사유로 다른 시·군으로 이전한 경우 비거주기간을 최대 3년까지 거주기간으로 인정한다. 재건축·재개발 공사 기간도 절반을 거주기간에 포함한다.


10년 거주 기본공제 2500만원…고령자 비수도권 이주 최대 5억 감면
2027년부터 10년 이상 거주하고 양도가액이 30억 원 이하인 1세대 1주택자는 양도소득 기본공제 2500만 원을 적용받는다. 현행 250만 원의 10배다.

공동명의 주택은 소유자별로 공제받을 수 있다. 다만 특수관계인에게 양도하거나 비거주자가 주택을 양도하는 경우에는 적용하지 않는다.

65세 이상 1세대 1주택자가 수도권 주택을 팔고 비수도권으로 이주하면 2027년 양도세의 50%를 최대 5억 원까지 감면한다. 2028년에는 감면율 30%, 한도 3억 원을 적용한다.

감면을 받으려면 해당 주택에 5년 이상 거주하고 양도일 현재 2년 이상 계속 거주하고 있어야 한다. 양도일부터 5년 이내 수도권으로 다시 이주하거나 수도권 주택을 취득하면 감면세액을 추징한다.

재경부 관계자는 "서울 안에서 주택 규모를 줄이는 경우도 검토했지만 세대 간 형평성 등을 고려해 우선 비수도권 이주로 한정했다"며 "페널티가 아니라 선택권을 주되 비수도권으로 가는 사람에게 인센티브를 주는 구조"라고 설명했다.

지방 세컨드홈 과세특례 대상도 확대한다. 현재 인구감소지역 등에 한정된 특례를 광역시를 제외한 비수도권 전역으로 넓혀 해당 주택을 추가로 취득해도 1세대 1주택자로 인정한다.

수도권 접경지역의 인구감소지역과 광역시 내 군 지역의 인구감소·관심지역도 대상에 포함한다. 새로 확대되는 지역의 주택 가액요건은 공시가격 4억 원이며 2029년 말까지 적용한다.


다주택자 양도세 중과 2년 한시 완화
조정대상지역 주택을 2년 이상 보유한 다주택자의 양도세 중과는 단계적으로 정상화한다.

2주택자는 기본세율에 더하는 세율을 현행 20%p에서 2027년 5%p, 2028년 10%p로 낮춘 뒤 2029년 20%p로 되돌린다. 3주택 이상은 현행 30%p 대신 2027년 10%p, 2028년 15%p를 적용하고 2029년부터 다시 30%p를 부과한다.

2026년에 이미 중과세율을 적용받은 양도분도 완화 대상에 포함한다. 재경부는 2027년 5월 양도소득세 확정신고 때 차액을 환급하는 절차를 마련할 계획이다.

구 부총리는 "다주택자에 대한 보유세가 정상화되는 점을 감안해 매도 의사가 있는 다주택자에게 기회를 주기 위한 것"이라며 "5월 10일부터 시행한 양도세 중과 제도를 2028년까지 한시적으로 완화하겠다"고 말했다.

phlox@news1.kr